《古剑奇谭2》第四章开放了许多新的支线任务，玩家可以回到长安和海市完成这些支线任务，并获得一些奖励。其中包括“久别思故乡”和“西域奇香”这两个长安支线任务，帮助玩家更好地了解游戏剧情，并获得丰厚的奖励。
在长安支线“同门情深”中，玩家需要帮助离风雨找到道家所炼的帝女玄霜。在太华山夷则师父的房间大宝箱里可以找到帝女玄霜，交给他后可以获得藏宝图十五（纪山），开启新的探险旅程。在长安支线“嘟嘟的请求”中，玩家需要帮助嘟嘟将包裹送到董广号布庄，完成任务后可以获得狗皮膏药，用于治疗角色伤势。
在海市支线“千里寄情”中，玩家需要帮助嗣封给江陵的佳莹妹妹送信，完成任务后可以获得乱心尘，用于提升角色属性。星罗岩剧情结束后，支线更新，包括朗德寨支线“想要特别篇”和“师父任务一”。在朗德寨支线“想要特别篇”中，玩家需要帮助茶小乖找到一本《逸尘记》特别篇。在长安找书商清和买到书，再回来交给茶小乖，完成任务。在朗德寨支线“师父任务一”中，玩家需要用家园系统制作出丹桂花糕喂食鹿，完成任务后可以获得藏宝图四，开启新的探险。
此外，还有一些其他支线任务，例如长安支线“糊涂的兄长”，玩家需要在完成星罗岩剧情后，回到长安的闻香楼和风小魂交谈，完成任务。谢衣支线《苍穹之冕》，玩家在完成星罗岩剧情后，返回静水湖主厅寻找放置于书房柜子上的盒子，调查后触发《苍穹之冕》第一阶段剧情。主角从神女墓返回广州之后，乐无异在队时，返回静水湖主厅自动触发《苍穹之冕》第二阶段剧情，开启更多精彩内容。
